La organización de la investigación en IMDEA Energía se estructurará utilizando el concepto de Unidad de Investigación como pieza básica de la misma, definida en función de su campo de especialización. Se trata de una organización transversal, que dotará al Instituto de una alta versatilidad en el tratamiento de los diferentes temas de investigación, así como de una gran flexibilidad para adaptarse a los cambios en las prioridades de I+D que se precise introducir a lo largo del tiempo.
Con objeto de estructurar el Instituto IMDEA Energía y cubrir el espectro de temáticas de I+D en energía, incluidas en el Programa Científico, se indican a continuación las actividades que se desarrollan en el Instituto dentro de cada Unidad de investigación